Ανάμεσα στα 270 είδη πουλιών που έχουν καταγραφεί υπάρχουν 6 είδη που, λόγω της σπανιότητάς τους αλλά και εξαιτίας της μείωσης που έχει υποστεί ο πληθυσμός τους, αξίζουν ιδιαίτερη αναφορά. Αυτά είναι ο αργυροπελεκάνος, η λαγγόνα, ο ήταυρος, η βαλτόπαπια, ο κραυγαετός κι ο στικταετός.

Επιπλέον, στον Αμβρακικό υπάρχουν πολλά ακόμα σπάνια πουλιά, που μπορούν να κρατήσουν αμείωτο το ενδιαφέρον των επισκεπτών. Η χαλκόκοτα και η χουλιαρομύτα φωλιάζουν παρέα με εκατοντάδες ερωδιούς, σε μια πολύβουη αποικία στο βάλτο Ροδιάς. Η λεπτομύτα, το πιο σπάνιο πουλί της Ευρώπης, παρατηρήθηκε να σταθμεύει εδώ ταξιδεύοντας από τη Σιβηρία στο Μαρόκο! Ο μπούφος βρέθηκε να κυνηγάει αθόρυβα στον υγρότοπο το βράδυ. Ο βασιλαετός ξεχειμωνιάζει εδώ μέχρι να φτάσει η ώρα να φύγει προς βορειότερες περιοχές, για να γεννήσει. Αυτά,και πολλά άλλα πουλιά χρειάζονται την προστατευόμενη περιοχή του Αμβρακικού για να συνεχίσουν να μας επισκέπτονται.