Στην περιοχή του Αμβρακικού έχουν παρατηρηθεί 291 διαφορετικά είδη πουλιών. Από αυτά, τουλάχιστον 220 είδη απαντώνται κανονικά κάθε χρόνο. Απ'όλα τα είδη, τουλάχιστον 75 περιλαμβάνονται στον κατάλογο των απειλούμενων. Για πολλά είδη υδροβίων οι λιμνοθάλασσες της περιοχής αποτελούν κυρίαρχους χώρους διατροφής τους κατά τη χειμερινή περίοδο. Στον Αμβρακικό έχουν καταγραφεί κατά την πρόσφατη δεκαπενταετία οι μεγαλύτεροι διαχειμάζοντες πληθυσμοί παπιών σε σύγκριση με άλλους μεγάλους ελληνικούς υγρότοπους. Για αρκετά υδρόβια και παρυδάτια, ακόμα και για ορισμένα που απειλούνται έντονα, όπως η Χαλκόκοτα, η Χουλιαρομύτα, ο Αργυροπελεκάνος και η Βαλτόπαπια, οι βαλτώδεις εκτάσεις παρέχουν σημαντικά πεδία φωλιάσματος. Δεκάδες είδη στηρίζουν την κοπιώδη μεταναστευτική τους περιπέτεια στον τροφικό τους ανεφοδιασμό που απολαμβάνουν από το υγροτοπικό οικοσύστημα της περιοχής.